NeuroTux Assistent Uni Essen

Segmentierung Cerebellum

Vorbereitung

Mit Hilfe des Grauwertes des Balkens muß nun eine Maske erstellt werden.
Messwert: 0.0
Schwellwert

Klicken Sie hier, um die Maske zu erstellen.

Füllen

Stellen Sie sich die Ansicht im Fenster Planes_XY mit Hilfe der rechten Maustaste und den Zoomtasten + und - so ein, daß Sie das Cerebellum gut erkennen können.

Zeigen Sie mit der Maus auf das Cerebellum und Drücken Sie die Taste F9. Das Kleinhirn sollte dann gelb gefüllt werden.

Bewegen Sie sich nun mit Hilfe der Tasten Pos1 und Ende durch die Schichten, und prüfen Sie, ob alles gefüllt wurde. Falls noch ungefüllte Bereiche im Kleinhirn existieren, zeigen Sie auf deren Mitte und drücken Sie erneut F9.

Nachbearbeitung

Klicken Sie nun hier, um das gefüllte Kleinhirn aus der Maske zu lösen.

Wählen Sie die Farbe gelb (6) aus dem Fenster NeuroTuxColorize, um kleinere Korrekturen zu machen bzw. wählen Sie die Farbe grau (0), um zuviel markierte Bereiche zu entfernen.
Prüfen Sie dazu auf den verschiedenen Ansichten die einzelnen Schichten.
gelb (6) Halten Sie die linke Strg-Taste fest und zeichnen Sie mit gedrückter linker Maustaste Kleinhirnareale ein, die nicht automatisch markiert wurden.
Schalten Sie mit den Links oder dem Fenster NeuroTuxColorize zwischen gelb und grau um, um fälschlich markierte Bereiche zu löschen.
grau (0)

Größere Bereiche können Sie wie gewohnt mit Strg-linke Maustaste umfahren und mit Strg-mittlere Maustaste füllen.

Auffrischen der 3D-Darstellung

Die Änderungen sind nicht immer sofort in der 3D-Darstellung sichtbar. Um sie sichtbar zu machen, klicken Sie hier.

Fertig.

Klicken Sie nun auf "Voxelzahl" und anschließend auf "Speichern", um die Zahl der Voxel im Kleinhirn zu bestimmen und das Ergebnis als "cerebellum_[Schwelle].3d32.gz" abzuspeichern.

Voxelzahl: ---
Speichern

Weiter-grau/weiß trennen Fenster schließen