NeuroTux Assistent Uni Essen

Segmentierung Hirnstamm

Um eine reproduzierbare Trennung des Cerebellums vom Hirnstamm zu erreichen, muß zunächst letzterer segmentiert werden.
Gehen Sie dazu wie folgt vor:

Markierung des Hirnstammes auf einzelnen Schichten

Einstellen der Ansichten

Verwenden Sie die axiale Schicht (XZ, links unten). Wählen Sie mit Hilfe linken Maustaste eine Ebene etwas höher als die Pons, wie links dargestellt.
Mit der rechten Maustaste können Sie das Fadenkreuz verschieben und damit die Ebenen der anderen Ansichten ändern, um die Lage besser beurteilen zu können.

Markieren einer Schicht

Wählen Sie im Fenster NeuroTuxColorize die Farbe blau (1), mit der Sie die Umrisse einzeichnen werden.
Wenn Sie einmal korrigieren müssen, stellen Sie die Farbe einfach kurz auf grau (0) um.
Vergrößern oder Verkleinern Sie ggf. die axiale Ansicht mit den Tasten + und -, um präziser arbeiten zu können.
Halten Sie nun die linke Strg Taste gedrückt und umfahren Sie die Konturen des Hirnstamms mit gedrückter linker Maustaste wie links dargestellt.
Das heißt, die blaue Kontur sollte vollständig im Hirnstamm verlaufen.
Achten Sie darauf, daß die Kurve geschlossen ist.

Halten Sie wieder linke Strg Taste gedrückt und klicken Sie mit der mittleren Maustaste in die Kontur, um sie zu füllen.
Sollte die Füllung auslaufen, schalten Sie auf Farbe grau (0) um, und füllen Sie erneut, um die Füllung zu entfernen und neu zu beginnen.

Wählen der nächsten Schicht

Bewegen Sie sich nun mit Hilfe der Tasten Pos1 und Ende durch die Schichten bis zur letzten Schicht, in der die Trennung zwischen Hirnstamm und Cerebellum noch klar erkennbar ist. Markieren Sie diese wie oben.

Überspringen Sie nun den Bereich, in dem diese Trennung nicht mehr erkennbar ist. Markieren Sie erneut auf der ersten Schicht, bei der die Trennung wieder klar erkennbar ist.Zwischen diesen Schichten darf ein Abstand von maximal 20 Schichten liegen. Prüfen Sie das ggf. über die y=...-Anzeige rechts unten.

Setzen Sie die Markierungen auf den weiter unten liegenden Schichten im Abstand von 17-18 Schichten bis zur Wirbelsäule hinunter fort. Ggf. ist es dort unnötig, das Innere aufzufüllen, da das Objekt zu klein wird.

Generieren des Hirnstamms

Wenn die unterste Schicht erreicht ist, klicken Sie bitte hier, um den Hirnstamm zu interpolieren.

Fortschritt:

Das Ergebnis wird automatisch als "hs.3d32.gz" abgespeichert.

3D-Ansicht

Der Hirnstamm wird außerdem automatisch in der 3D-Ansicht dargestellt.

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